علامت (>) نشان دهنده اثر غالبیت یا اپیستازی است. این مطالب از آنجا استنباط میگردد که نتایج حاصل از تلافی در جهت افزایش شیمیوتیپ ژرانیول میباشد از تلاقیهای بیشتری که توسط ورنت[۴۷] (۱۹۸۶) انجام شده، چنین نتیجه گرفت که امکان ندارد شش ژن مسئول شیمیوتیپ آللهایی در مکان ژنی مشابه باشند، بلکه بیشتر احتمال دارد که در پنج مکان ژنی مختلف (هر کدام با دو آلل) قرار داشته باشند و رابطه اپیستازی، زنجیره بی و سنت یک را کنترل نماید. با این وجود از آنجا که ژرانیول، یک ترکیب غیر حلقوی است و آلفاترپینئول و ۴- توجانول، حلقوی میباشند و همچنین لینالول غیرحلقوی است، فهم مکانیزم کنترل کننده بیوسنتز، مشکل میباشد (آیا کنترل، باز شدن حلقه را شامل میشود؟)، در حالی که کارواکرول و تیمول موجود در انتها زنجیر بیوسنتتیک، آروماتیک هستند گویون[۴۸] و همکاران (۱۹۸۶) با معرفی حد واسطهای فرضی برای این مشکل، راه حلی پیدا کردند و گفتند که کنترل این مسیر توسط یک سری از ژنهای تنظیم کننده انجام میگیرد (شکل ۲-۲).
(( اینجا فقط تکه ای از متن درج شده است. برای خرید متن کامل فایل پایان نامه با فرمت ورد می توانید به سایت feko.ir مراجعه نمایید و کلمه کلیدی مورد نظرتان را جستجو نمایید. ))
ژنهای L, U ,A ,G و C قادرند زنجیره تیمول را در مراحل مختلف، گسیخته سازنده و لذا تیمول فقط در غیاب این ژنهای کنترل کننده و توسط ژنوتیپ مغلوب یا gg aa uu cc T(T) کنترل خواهد شد.
شکل ۲-۲- کنترل ژنتیکی مونوترپن ها در شیمیوتیپ های آویشن T. vulgaris (Vernet, 1986)
حتی با دانستن این مطلب، این سؤال باقی میماند که چرا فنوتیپهای تیمول/ کارواکرول، نسبت به ژنوتیپها و فنوتیپهای اپیستاتیک، فراوانی بیشتری در طبیعت دارند و پاسخ این سؤال را با اصطلاح ژینودیوئسی در مورد باروری (هرمافرودیت) بیان می شود (ری[۴۹]، ۱۹۹۴). البته در نواحی با اقلیم مرطوبتر و خاکهای عمیقتر، که اغلب گونههای موجود، علفی هستند نوع دیگر از سازگاری لازم است، تحت چنین شرایطی هتروزیگوتی و تولید انواع نوترکیب جدید، برای انتخاب مفید خواهند بود. این موضوع از آنجا معلوم می شود که پایههای ماده (نر عقیم) حضور نسبی فراوانتری دارند، که ارتباط با خاصیت هتروزیگوتی، پراکنش سایر شیمیوتیپها را افزایش میدهد (بقالیان و نقدی بادی، ۱۳۷۹).
۲-۳-۲- برنامههای اصلاحی آویشن
کشت گیاهان دارویی اولین مرحله اصلاح آنها محسوب میشود زیرا اساساً وقتی گیاهان کشت میشوند اختلافهای فاحشی با انواع وحشی خود پیدا میکنند اگر چه در بدو امر هدف از کشت، اصلاح گیاه نیست. تغییرپذیری در بین گونههای گیاهان دارویی بیش از گونههای دیگر میباشد زیرا افراد جمعیتهای یک گیاه دارویی که در رویشگاههای طبیعی میرویند از نظر داشتن مواد مؤثره با یکدیگر متفاوتند (امید بیگی، ۱۳۷۴) و انتخاب بهترین ژنوتیپ از بین آنها میتواند اولین قدم در زمینه سلکسیون برای تولید ارقام باشد.
به هرحال اهداف اصلاحی گیاه آویشن به شرح ذیل میباشد
۱- بررسی تنوعهای زیستی برای صفات مورد نظر و مفید
۲- توصیه روشهای مناسب انتخاب براساس عملکرد بالای اسانس
۳- انتخاب گیاهان برای ارزیابی، تکثیر و آزمایشات بعدی (لتچامو و گوسیلین[۵۰]، ۱۹۹۵)
۲-۳-۳- اساس ژنتیکی و اکولوژیکی بیوسنتز ترپنهای فنولی کارواکرول و تیمول
در بین جمعیتهای رویش یافته در رویشگاههای طبیعی، براساس مونوترپن غالبی که در کرکهای ترشحی تولید میشود، تیپهای شیمیایی مختلف بوجود میآید. در مسیر بیوسنتز مونوترپنها که از ژرانیلپیروفسفات آغاز میشود، انشعابات متعددی وجود دارد که هر یک منجر به ساخت یک مونوترپن خاص میشود. این مونوترپنها دارای ساختار مولکولی متفاوت بوده و با یک تفاوت اساسی در دو گروه فنولی و غیر فنولی قرار میگیرند. مسیر بیوسنتز ترکیبات فنولی تیمول و کارواکرول و نحوه توارث آن ها در آویشن مطالعه شده است که در مسیر بیوسنتز مونوترپنها، حضور یک مونوترپن غالب به وسیله یک رابطه غالبیت یا اپیستازی گام به گام (فرانز[۵۱]، ۱۹۹۳) به صورت زیر کنترل میشود:
تیمول (T)< کارواکرول C))< لینالول(L) < 4- توجانول >(U) آلفاترپینئول (A)< ژرانیول(ژن G)، که ژنهایC، L، U، Aو G قادرند زنجیره را در مراحل مختلف متوقف کنند. فنوتیپ کارواکرول دارای ژنوتیپ gg/aa/uu/ll/CC/Cc)) و فنوتیپ تیمول دارای ژنوتیپ gg/aa/uu/ll/cc میباشند. منطقیترین توضیح برای ارتباط بین ساختار ژنتیکی مکانهای ژنی مذکور و حضور یک مونوترپن غالب خاص (ارتباط ژنوتیپ و فنوتیپ) این است که یک سری پروتئینهای تنظیم کننده به وسیله آللهای مکانهای ژنی G،A ، U، L و C کد میشوند که هر کدام از آن ها میتوانند در توالی واکنشی که در نهایت منجر به فنوتیپ کارواکرول و تیمول میشوند تداخل ایجاد نمایند. یک احتمال ممکن دیگر این است که آنزیم G تمام سوبسترای موجود در مسیر بیوسنتزی را مصرف نموده و منجر به ایجاد فنوتیپ G میشود(تامپسون و همکاران، ۲۰۰۳). تیپهای شیمیایی غیرفنولی آویشن نسبت به انواع فنولی تحت شرایط اکولوژیک کاملاً متفاوتی میرویند. نقش اکولوژیک مونوترپنها در سه محور عمده “سازگاری به محیط غیرزنده"، “برهمکنش رقابتی با سایر گونه های گیاهی” و “دفاع شیمیایی در مقابل عوامل بیماریزا و علفخوارها” قابل بحث است. تیپهای شیمیایی غیرفنولی به طور نسبی در مناطقی با خاکهای عمیقتر، ارتفاعات بالا با اقلیم مرطوبتر، متوسط دمای سالانه کمتر و زمستانهای سردتر میرویند و تیپهای فنولی در خاکهای سنگریزهای سطحیتر، ارتفاعات پایین با اقلیم خشکتر و متوسط دمای بالاتر و زمستانهای ملایمتر پراکنش دارند. همبستگی بالا و واضحی بین دماهای پایین زمستان و عدم حضور تیپهای فنولی وجود دارد. ترکیبات فنولی کارواکرول و تیمول دارای اثرات سمی بالا بوده و زمانی که غشاءهای سلولی در اثر سرما تخریب میشوند، آزاد شدن این ترکیبات به داخل بافت گیاه منجر به مرگ گیاه طی زمستانهای سخت می شود. از طرفی سازگاری تیپهای شیمیایی فنولی به شرایط سخت خشکیهای تابستانه بیشتر از انواع غیرفنولی میباشد. اسانسهای غیرفنولی در شرایط گرم تابستان نسبت به انواع فنولی سریعتر تبخیر شده و بخارات حاصله با ایجاد اثرات سمی منجر به مرگ گیاه در این شرایط میشود. علاوه بر عوامل محیطی غیرزنده، عوامل زنده نیز در انتخاب طبیعی نقش دارند. تیپهای شیمیایی فنولی نسبت به انواع غیرفنولی اثرات آللوپاتیک بیشتری روی عموم گیاهان در رویشگاههای طبیعی دارند(تامپسون و همکاران، ۲۰۰۳؛ تامپسون، ۲۰۰۲).
۲-۴- کاربرد نشانگرها در تمایز گیاهان
به طور کلی توالی DNA یا هر صفت دیگری که برای تشخیص و شناسایی افراد استفاده شود باید بتواند تفاوت بین آن ها را متمایز نماید و به عنوان نشانگر در نظر گرفته می شود. یا به عبارت دیگر تفاوت موجود در بین ردیف های DNA کروموزم های هر موجود که از والد به نتایج منتقل گردد، می تواند یک نشانگر ژنتیکی باشد (واچیرا و همکاران[۵۲]، ۱۹۹۵). برای آنکه صفتی به عنوان نشانگر ژنتیکی مورد استفاده قرار بگیرد، باید حداقل دارای دو ویژگی زیر باشد (نقوی و همکاران، ۱۳۸۴):
۱ – بین دو فرد متفاوت باشد (پلی مورفیسم)[۵۳].
۲ – قابل توارث باشد.
زمانی که الگوی کلی مربوط به گستردگی و نحوه پراکندگی تنوع ژنتیکی صرف نظر از نوع نشانگر مشابه باشد نشان دهنده این است که تعداد نشانگرهای آنالیز شده به اندازه کافی است. به طور کلی، گونه هایی با دوره زندگی طولانی، دگرگشن با توالی های طولانی و آخرین دوره های وراثتی[۵۴] بیشترین میزان تنوع را در درون جمعیت ها دارند در حالیکه در گونه های یک ساله، خودگشن دارای توالی های کوتاه بیشترین میزان تنوع ژنتیکی بین جمعیت ها وجود دارد (نایبوم، ۲۰۰۴).
۲-۴-۱- نشانگرهای مورفولوژیکی
صفات مورفولوژیکی معمولا با تعداد کمی ژن کنترل می شوند و در مواردی از آنها می توان به عنوان یک نشانگر ژنتیکی در شناسایی افراد استفاده نمود. بهر حال، فنوتیپ چنین صفاتی در زمانی به عنوان یک نشانگر استفاده می شود که در محیط های مختلف دارای تکرار پذیری باشند. تظاهر نشانگر های مورفولوژیکی به صورت غالب یا مغلوب می باشد (باقری و همکاران، ۱۳۸۶).
گزینش گیاهان بر اساس صفات مورفولوژیکی در یک جمعیت اولیه با ویژگی تظاهر فنوتیپی آن ها می باشد. فنوتیپ هر گیاه یا هر موجود از عوامل ارثی و محیطی تشکیل می شود، بنابراین بعضی از صفات ظاهری و زراعی یک محصول می تواند به عنوان نشانگر برای شناسایی، تمایز و طبقه بندی گونه ها بکار رود و تفاوت های قابل رؤیت مانند رنگ گل، شکل گل و غیره می تواند به عنوان نشانگر مورفولوژیک بیان شوند (پترسون و همکاران[۵۵]، ۱۹۹۱).
تغییرات ژنتیکی اکثر صفات مهم و اقتصادی در گیاهان و جانوران ناشی از اثر تعداد زیادی ژن با اثرهای کوچک کنترل می شود. گزینش بر اساس فنوتیپ صفات و یا ارزش های به نژادی[۵۶] بدون اطلاع از تعداد ژنهای کنترل کننده صفت نیز امکان پذیر است. بنابراین میزان پیشرفت ژنتیکی در افزایش کمیت و کیفیت مواد بهنژادی به دقت و توانائی روش های ژنتیک کمی در گزینش بستگی دارد. نخستین مکان های ژنی که به صورت نشانگر مورد استفاده قرار گرفتند، آنهایی بودند که صفات مورفولوژیکی خاصی را بیان نمودند )صادقیان مطهر، ۱۳۸۷).
نشانگرهای مورفولوژیکی دارای معایبی هستند که این معایب محققان را به استفاده از نشانگر های مولکولی راغب نموده است (باقری و همکاران، ۱۳۸۶). از جمله این معایب شامل:
۱ – این صفات اغلب تحت تاثیر شرایط محیطی قرار دارند و ظهور این نشانگرها تابع مراحل رشدی گیاه است.
۲ – این صفات فراوانی و تنوع بسیار محدودی دارند، در حالی که نشانگر باید از تنوع بالایی برخوردار باشد.
۳ – این صفات عموما دارای حالت توارث غالب و مغلوب هستند و اثرات اپیستازی و پلیوتروپی نیز در آنها مشاهده شده است.
۴ – اغلب صفات مورفولوژیکی در مراحل انتهایی رشد بروز می کنند و باید برای ظهور آن ها منتظر ماند که در مورد گیاهان چند ساله زمان بسیار زیادی لازم است.
۵ – مبنای ژنتیکی بسیاری از نشانگرهای مورفولوژیکی ناشناخته است.
۲-۴-۲- نشانگر های مولکولی DNA
در طول دو دهه قبل انتخاب روش هایی بر اساس آنالیز پارامترهای مورفولوژیکی و فیزیولوژیکی به طور فزاینده ای ناکامل به نظر می رسیدند و این تکامل در حد وسیعی توسط نشانگرهای مولکولی انجام شد، ابداع نشانگرهای مولکولی برای دانشمندان این امکان را فراهم کرد تا بتوانند با بهره گرفتن از این ابزار ارزشمند ساختار ژنوم گیاهان را بررسی کنند(موهان و همکاران[۵۷]، ۱۹۹۷).
تنوع ژنتیکی در سطح مورفولوژیکی و بیوشیمیایی، به واسطه تاثیر این صفات از محیط، در بهبود ژنوتیپ ها دارای محدودیت هایی می باشند این در حالی است که مواد ژنتیکی یعنی ژنوم موجودات به واسطه پایداری و اینکه کمتر تحت تاثیر محیط قرار می گیرند، جزء مولفه های کلیدی در مطالعه و مقایسه ژنوتیپ ها می باشند (آواملح و همکاران[۵۸]، ۲۰۰۹). پیشرفت در زمینه فناوری نشانگرهای DNA، به نژادگران و ژنتیک دانان گیاهی را در غلبه بر بسیاری از مسائل موجود در زمینه طبقه بندی و حفاظت ذخایر ژنتیکی کمک کرده است (شاهسواران، ۱۳۸۰). بررسی تنوع ژنتیکی و طبقه بندی از طریق نشانگرهای مولکولی به طور گسترده ای در بسیاری از کشورها بر روی اکثر گیاهان انجام شده است. انجام این کار در مورد ذخایر توارثی گیاهی برای کمک به طراحی برنامه های به نژادی بسیار ضروری است. همچنین می توان با شناسایی و حذف نمونه های تکراری موجود در بانک ژن و ذخار ژنتیکی از بسیاری هزینه های اضافی برای تکثیر و نگهداری آنها جلوگیری نمود (میر، ۱۳۸۱). کشف انواع نشانگرهای مولکولی باعث پیشرفت عمده ای در مطالعات ژنتیکی گردیده است. از مهمترین کاربرد های آن ها می توان به ایجاد نقشه های فیزیکی و ژنتیکی در موجودات زنده و شناسایی ژن های کیفی و کمی اشاره نمود (فلاول[۵۹]، ۱۹۸۰). در سه دهه اخیر از روش های کلاسیک نظیر ریخت شناسی، مورفولوژی و فیزیولوژی برای ارزیابی تنوع ژنتیکی استفاده شده است که با روش های مولکولی کامل می شود. امروزه از چند شکلی DNA و پروتئین به عنوان یک نشانگر مولکولی در تحقیقات فیلوژنی، تاکسونومی، اکولوژی، ژنتیک و اصلاح گیاهان استفاده می شود (باقری و همکاران، ۱۳۸۶).
نشانگرهای مولکولی DNA به سه گروه مبتنی بر هیبریداسیون، مبتنی بر واکنش زنجیرهای پلیمراز و مبتنی بر توالی یابی قابل تقسیم هستند. گروه دوم شامل نشانگرهای RAPD[60]، SCAR[61]، [۶۲]ISSR، SSR[63] یا میکروساتلایت، STS[64]، RFLP[65]، ISA[66]، [۶۷]SNP، [۶۸]ESTs، APS[69]و AFLP[70] می باشند. نشانگرهای مبتنی برPCR [۷۱] نیاز به زمان کمتری برای نقشه یابی مولکولی دارند. قطعات تکثیر شده به صورت نوارهایی با وزن مولکولی متفاوت بطور مستقیم بر روی ژل قابل مشاهده است. این روشی ساده و سریع برای تجزیه تفاوت ژنتیکی DNA بین و درون جمعیت ها و ارقام گیاهی مختلف می باشد( al., 1992 Weigand et Pherson et al., 1991; Innis et al., 1990; Williams et al., 1990; ).
۲-۵- کاربرد نشانگرهای مولکولی در گیاهان دارویی
نشانگر های مولکولی در جهت کسب اطلاع از فاصله ژنتیکی در بین افراد یا جمعیت ها و آگاهی از روابط خویشاوندی گونه های مورد نظر در برنامه های اصلاحی، امکان سازمان دهی ژرم پلاسم و نمونه گیری موثر از ژنوتیپ ها را فراهم می سازد (عبد میشانی و شاه نجات بوشهری، ۱۳۷۷). نشانگرهای DNA یکی از بنیادیترین نشانگرهایی هستند که برای مطالعات مولکولی و ژنتیکی مورد استفاده قرار می گیرند. این نشانگرها بر پایه بررسی مستقیم ژنوم و تعیین چند شکلی DNAمی باشند (نقوی و همکاران، ۱۳۸۴). امروزه نشانگرهای DNA نقش مهمی در بسیاری از جنبه های اصلاح نباتات، اعم از روند تکاملی و رابطه ژنتیکی گونه های گیاهی دارا می باشد که در بررسی تنوع ژنتیکی گیاهان، می تواند مورد استفاده قرار گیرد (پژمان مهر[۷۲] و همکاران، ۲۰۱۰).
فن آوری نشانگرهای مولکولی یک ابزار مفید و مناسب در جنبه های علمی مختلفی چون فیلوژنی، تاکسونومی، اکولوژی، ژنتیک و اصلاح گیاهی است، در مورد گیاهان دارویی و معطر علی رغم امکان بدست آوردن اطلاعات بالقوه انبوه، تحقیقات مبتنی بر استفاده از تکنیک های مولکولی هنوز سظح نازلی قرار دارد. انگشت نگاری دی ان ای به عنوان ابزار مهم توصیف ژرم پلاسم به خوبی می تواند برای کل تنوع ژنتیکی موجود در یک گیاه خاص، شامل ارقام قدیمی، نژادهای سرزمینی و گونه های خویشاوند وحشی ان بکار برود( نایبوم و ویسینگ[۷۳]، ۲۰۰۷). در سال های اخیر، استفاده از نشانگرهای مولکولی، برای ارزیابی تنوع ژنتیکی به یک ابزار مهم در مطالعه جمعیت گونه های گیاهی مختلف از جمله گیاهان دارویی و معطر شده است (لیو[۷۴] و همکاران، ۲۰۰۶؛ فارکارو و اچیورگارای[۷۵]، ۲۰۰۶). بدین ترتیب استفاده از روش های مولکولی مختلف چون RFLP، RAPD، SSR و غیره در آشکار سازی تنوع و روابط ژنتیکی توده های گیاهان دارویی در دو سطح درون و بین گونه ای از کارآیی بالایی برخوردار بوده است اما تلفیق نشانگرهای شیمیایی، مورفولوژیکی و مولکولی مفید ترین نتایج را بدست داده است(تتنی، ۲۰۰۲؛ برنات، ۲۰۰۲؛ نایبوم و ویسینگ، ۲۰۰۷).
انگشت نگاری RFLP در بسیاری از مطالعات اولیه روی گیاهان دارویی در شناسایی کلون های حاصل از ریزازدیادی بومادران توسط والنر[۷۶] و همکاران (۱۹۹۶) مورد استفاده قرار گرفته است. این تکنیک قابلیت تکرار و نیز قابل اعتماد است و لی نیازمند مراحل مختلف کار و نیز مقدارDNA زیاد می باشد.معرفی نشانگرهای مولکولی مبتنی بر PCR در اوایل دهه ۱۹۹۰، نقطه عطفی در زمبنه انگشت نگاری DNA بود. این روش ها با بهره گرفتن از پرایمر های تصادفی که نواحی خاصی از DNA ژنومی را به صورت تصادفی تکثیر می کنند و با بهره گرفتن از روش های الکتروفورز و رنگ آمیزی قابل انجام اند. RAPD روشی که به وسیله ویلیامز[۷۷] و همکاران (۱۹۹۰) توسعه یافت از جمله مشهورترین تکنیک های مطالعه DNA با بهره گرفتن از PCR است و اما این تکنیک دارای یک عیب اساسی است و آن عدم تکرار پذیری نتایج به ویژه بین آزمایشگاه های مختلف است. بنابراین ارزش RAPD و تکنیک های مرتبط برای بررسی روابط ژنتیکی و شناسایی ژنوتیپ ها مورد بحث است، با این وجود هزاران مطالعه RAPD روی صد ها گونه مختلف طی ۱۵ سال گذشته به چاپ رسیده است. که در بین آنها می توان به گونه های مهم دارویی چون بومادران (والنر و همکاران، ۱۹۹۶)، آرتمیزیا (سانگوان[۷۸] و همکاران، ۱۹۹۹)، گل انگشتانه (نباوئر[۷۹] و همکاران، ۲۰۰۰) و اکیناسه (نیری[۸۰] و همکاران، ۲۰۰۳) اشاره کرد.
ندوشن و همکاران(۱۳۸۴) با مطالعه تنوع ژنتیکی در سه گونه از گیاه آویشن (Thymus) با بهره گرفتن از الکتروفورز پروتئین های ذخیره ای بذر نشان دادند که بذر ۹ جمعیت از سه گونه T. pubscens, T. kotschyanus و T. persicus از مناطق شمال و شمال غرب تهیه شدند و از الکتروفورز به روش SDS-PAGE جهت مطالعه پروتئین های ذخیره ای بذر استفاده شد. باندهای حاصل از کلیه جمعیت ها از جهت حضور و عدم حضور و فاصله از مبدا ارزیابی شد و اطلاعات حاصل مورد تجزیه خوشه ای قرار گرفت. جمعیت ها به چهار گروه تقسیم بندی شدند که در گروه اول جمعیت های گونه T. kotschyanus و در گروه دوم جمعیت جمع آوری شده از ارتفاع ۲۲۰۰ متری متعلق به گونه T. persicus از زنجان قرار گرفتند. در گروه سوم نیز دو جمعیت دیگر از گونه T. persicus جمع آوری شده از ارتفاعات ۲۴۰۰ و ۲۶۰۰ متری متعلق به زنجان جای گرفتند اما در گروه چهارم نمونه های متعلق به گونه T. pubscens قرار گرفتند.
در گونه های وحشی زمانی که گیاه مورد نیاز برای تولید دارو از طبیعت برداشت می شود و مهمتر از آن حتی زمانی که برای بهبود ژنتیکی و اصلاح خود گیاه برنامه ریزی می شود، اطلاعات مربوط به میزان و پراکنش جغرافیایی تنوع ژنتیکی درون گونه ای می تواند مهم باشد هر دو نشانگرهای با توارث غالب (RAPD و AFLP) و همبارز (SSR) به فراوانی برای بررسی ساختار ژنتیکی مورد استفاده قرار گرفته اند (نایبوم، ۲۰۰۴). نشانگرهای مولکولی از جمله RAPD و AFLP همراه با نشانگرهای بیوشیمیایی در بررسی تنوع گونه های دارویی مورد استفاده قرار گرفته اند. همچنین نشانگرهای ریزماهواره در بررسی تنوع ژنتیکی درخت چای مورد استفاده قرار گرفته اند (روزتو[۸۱] و همکاران، ۱۹۹۹).
در مواردی که تولید دارو به طور عمده با بهره گرفتن از مواد گیاهی جمع آوری شده از گونه های نادر از طبیعت صورت می گیرد، موضوع بررسی تنوع و جریان ژنی در ارتباط با حفاظت امری بسیار مهم است چنانکه تنوع و جریان ژنی گونه ای پرونوس (Prunus africana) با بهره گرفتن از نشانگرهای RAPD توسط داوسون و پوول[۸۲] (۱۹۹۹) و نیز برای گونه های وحشی و اهلی شده جین سینگ آسیایی با بهره گرفتن از توالی های ITS و AFLP توسط زوو[۸۳] و همکاران (۲۰۰۵) بررسی شده است. به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی در یک گونه سریعا در حال انقراض سنب الطیب (Valleriana wallrothi) در ایتالیا، هشت جمعیت با بهره گرفتن از نشانگرهای AFLP و SSR، کلروپلاست مورد مطالعه قرار گرفتند که بر خلاف طبیعت دگرگرده افشان سنب الطیب، نتایج داده های AFLP جمعیت های این گونه را از یکدیگر متمایز نمودند که نشان از اثر قابل توجه چرا و کشاورزی در تفرق ژنتیکی جمعیت های این گونه گیاهی می باشد( گراسی[۸۴] و همکاران، ۲۰۰۴).
سایر نشانگرهای مولکولی نیز برای بررسی تنوع و روابط ژنتیکی گونه های دارویی استفاده شده اند. PCR-RFLP، پنج قطعه DNA تکثیر شده از DNA کلروپلاستی بر روی ۱۳ جمعیت از گیاه جین سینگ در نپال و چین توسط یوو[۸۵] و همکاران (۲۰۰۱) انجام شد، نتایج گروه بندی نشان داد که اغلب زیر گونه های تعریف شده به عنوان جین سینگ کاذب ( P. pseudoginsig) کاملا از یکدیگر و از خود زیر گونه جین سینگ کاذب متفاوتند و باید به عنوان گونه معرفی شود.
همانطور که گفته شد نشانگرهای مولکولی از جنبه های مختلف در تحقیقات گیاهان دارویی کاربرد دارند که مهمترین آن ها عبارتند از:
- شناسایی گونه ها، هیبرید ها، ژنوتیپ ها و جمعیت ها
- مطالعه ساختار ژنتیکی جمعیت ها
- مدیریت بانک ژن و حفاظت ذخایر ژنتیکی
- شناسایی و تایید مواد گیاهی در کنترل کیفی
- نشانمند کردن ژن ها
- انتخاب به کمک نشانگر همراه
- درک مکانیزم گرده افشانی و باروری
استفاده از نشانگرهای مولکولی برای انتخاب تیپ شیمیایی بوسیله نشانگر همراه یکی از جنبه های جالب توجه در برنامه های اصلاحی گیاهان دارویی برای کمک به فرایند انتخاب می باشد (نایبوم و ویسینگ، ۲۰۰۷).